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Beacon Designer

Beacon Designer  8.14 官方版

二維碼
  • 軟件授權: 共享軟件
  • 軟件大?。? 56.4MB
  • 軟件評分:
  • 軟件類型: 國外軟件
  • 更新時間: 2024-12-23
  • 應用平臺: Winxp/vista/win7/win8/2000/2003
  • 軟件語言: 英文
  • 版      本: 8.14 官方版

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軟件介紹 相關專題 常見問題 下載地址

為您推薦:- Beacon Designer

基本簡介
Beacon Designer段首LOGO
Beacon Designer官方版是一款專業的定量PCR引物和探針設計輔助工具。Beacon Designer最新版內置了許多的化學公式以及生物數據的分析功能,能夠幫助用戶直接建立分析項目。Beacon Designer軟件還能夠將分析的生物數據轉換為基因模型,方便用戶更好的查看。

Beacon Designer截圖

Beacon Designer軟件介紹

      beacon designer可以幫助您設計生物實驗分析方案,可以讓您在制作一些生物模型的時候獲得更好的數據分析平臺,本軟件可以結合一些化學的公式使用,您可以在分析生物數據的時候加載一些化學的公式到軟件上標注,也可以將分析的生物數據轉換為基因模型的方式查看;對于pcr引物設計方面的運用還是非常良好的,體用了多種生物反應以及DNA引物的分析技術,讓軟件幫助您完成后期實驗數據的分析以及報告制作!

Beacon Designer軟件功能

      1、FRET探針

      FRET探針-設計出不含二聚體,重復序列和運行序列的最佳FRET探針,以確保信號保真度。

      多重FRET探針和引物-檢查FRET探針是否與所有引物交叉雜交,以防止多重反應競爭。

      評估預先設計的FRET探針和引物-允許使用SYBR®green引物設計最佳的FRET探針。

      算法-使用高度精確的SantaLucia最近鄰居計算Tm熱力學值。

      圖形視圖-顯示探針二級結構的圖形視圖。

      2、Scorpions®底漆設計

      Scorpions®Primer-設計最佳的標準引物,Scorpions®引物,Probe和Scorpions®,不含二聚體,重復序列和運行序列,可確保信號保真度。

      等位基因識別-設計Scorpions®來檢測野生和突變等位基因。

      MultiplexScorpions®和引物-檢查Scorpions®是否具有交叉同源性,所有引物可防止多重反應競爭。

      預先設計的Scorpions®引物-允許使用預先設計的探針/引物來設計最佳引物/探針和蝎子。

      Tm計算-高精度發夾Tm計算。

      圖形視圖-顯示設計的Scorpions®Primer的圖形視圖。

      3、底漆設計

      設計引物-設計針對SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA應用優化的引物對。

      算法-使用高度精確的SantaLucia最近鄰居熱力學值計算引物Tm。

      引物等級-根據引物效率對引物進行排名。根據引物的熱力學性質和二級結構篩選綜合標準引物。

      自動引物多路復用-檢查引物池中的同源性,以減少引物二聚體。

      預先設計的引物-允許將先前設計的引物用于信標,TaqMan®,FRET,HRMA和SYBR®Green分析。

      避免模板的二級結構-設計引物時自動避免模板中的二級結構。

      避免交叉同源性-通過自動避免使用BLAST發現的同源性來確保信號保真度。

      引物擴增子和探針BLAST搜索-BLAST搜索引物,擴增子和探針以驗證設計的特異性。

      SNP擴增用于信標,TaqMan®,FRET和HRMA化學試劑的引物旨在擴增SNP。 SYBR®Green引物的設計應使區分等位基因的核苷酸位于其中一種引物的3'末端堿基處。可以將HRMA分析設計為擴增SNP和所有其他類型的突變,例如取代,缺失,插入等。

      一致的條件-運行中的所有引物均針對相同的PCR反應條件進行了優化。

Beacon Designer截圖

      4、爆炸搜索

      選擇性cDNA擴增-通過設計跨外顯子/外顯子和外顯子-內含子邊界的引物來避免gDNA污染。外顯子區域通過解釋GenBank標頭注釋來識別。也可以手動指定它們。

      BLAST搜索-BLAST搜索整個序列,設計引物和擴增子以顯現特異性。

      BLAST數據庫-使用獨立的BLAST搜索本地自定義數據庫,或直接連接到NCBI服務器以獲取公共數據庫。

      重復和低復雜度區域-優化BLAST搜索參數以在搜索NCBI可用的基因組數據庫時檢測重復和低復雜度區域。

      BLAST結果視圖-提供在序列,引物對,擴增子和探針上搜索BLAST的結果視圖。

      5、數據庫和數據管理

      設計模式-Beacon和TaqMan®設計位于不同的模塊中:允許在運行時進行模式切換。

      項目-創建多個項目。通過為每個實驗創建單獨的項目,可以輕松管理多個實驗的數據。

      應用程序數據庫-維護用于序列信息和搜索結果的本地數據庫。

Beacon Designer軟件特色

      提供了多種引物的分析功能。

      可以在生物序列上完成更多的基因分析。

      支持使用基因突變的序列加載到實驗上分析。

      支持使用DNA引物分析查看實驗數據的變化。

      支持在生物分析上擴展數據的變化以及外部分子。

      支持建立多種基因的序列分析。

      可以幫助您測試氨基酸的研究數據。

      可以讓您在分析生物序列的時候獲得更好的指標。

      支持將測試的單核苷酸生成圖形顯示。

      支持生物鏈的制作以及基因模型制作。

Beacon Designer更新日志

      1.修改用戶提交bug

      2.添加新功能

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